Deficiencias

En el proceso de biodigestión el producto obtenido es el biogás, y este posee un poder calorífico menor al del butano o propano, esto implica un mayor tiempo decocción que cuando se hace con gas natural o de balón domestico.

Equivalente energético

1000 l (1 mᶟ) de biogás equivale:

madera	1.3kg
Bosta seca	1.2 kg
Gasolina	0.75l
Alcohol	1.1 l
Gas natural	076 mᶟ
Energía eléctrica	1.43 KW

Fuente: ITINTEC (1983)

El biogás obtenido es de uso directo y fácil de lograr con una eficiencia de 55 % aprox.

Pero para lograr esto se deben implementar quemadores especiales para su uso, se usa en el alumbrado, el biogás proporciona una intensidad de luz q es aproximado al de un foco de 50-80 watts (Vela y Carrión 1983) ,1 mᶟ de gas alcanza de 6 a 8 horas de luz utilizando inyectores de gas de 1 mm de diámetro).

El biogás usado para la refrigeración se usa en refrigeradoras a kerosene,  en Las que solo se cambia el mechero a kerosene por un quemador a biogás.

En motores de combustión (a gasolina o diesel) pueden operar  a biogás con eficiencia de 20-25% con compresión de 8:1 de metano aire, en motores de gasolina, y  con una eficiencia de 25-30% con una compresión de 15:1, en motores diesel

El uso de biodigestores reduce la contaminación, pero no logra cubrir las expectativas energéticas, ya que el biogás no posee un alto poder calorífico en comparación con otras fuentes de energía .

El biogás en comparación con otros combustibles

Combustible	Unidad (e)	Poder calorífico	El uso	Eficiencia (n)	Poder calorífico usable	Equivalente gas (1 mᶟ/e)	1 mᶟ biogás (e/ mᶟ)
Biogás	mᶟ	5,96	Cocinar	55%	3,28	1	1
			Alumbrar	3%	0,18	1	1
			motor	24%	1,43	1	1
Propano	Kg	13,9	Cocinar	60%	8,34	2,54	0,4
Diesel	Kg lt	12,0	Cocinar	50%	6,0	1,83	0,6
			Motor	30%	4,0	2,80	0,36
electricidad	Kwh	1	Cocinar	67%	0,67	0,20	5,0
			Alumbrar	9%	0,09	0,50	2,0
			motor	80%	0,80	0,56	1,8
Butano	Kg	13,6	cocinar	60%	8,16	2,5	0,4
Leña		5,0		12%	0,60	0,18	5,6
Carbón de piedra		9,0		25%	2,25	0,69	1,5
Carbón de leña		8,0		25%	2,0	0,61	1,64
Estiércol de vacuno		2,5		12%	0,30	0,09	11,11

El biodigestor requiere de un espacio libre ubicado entre la zona de recolección de excretas y la vivienda, el uso de biodigestores se vuelve una desventaja cuando no se posee una adecuada fuente continua de agua, ya que las excretas se deben fermentar con cierta cantidad de agua (proporción 1:3).

Además se debe poseer una fuente diaria de excretas para poder alimentar el biodigestor, lo cual implicaría que el dueño de un biodigestor se dedique a la crianza de animales y a la siembra para poder aprovechar el biol, y para poder hacer todo eso significaría poseer un gran espacio disponible de terreno, además de poseer personal asignado(no se necesita personal con altos conocimientos, pero si capacitados para las labores) puesto que el biodigestor tiene que alimentarse diariamente, el cual implica la vertida de agua y la limpieza de los corrales para poder usar las excretas, para poder usar la mayor cantidad de excretas se debe enjaular a los animales o ponerlos en establos para que la recolección de sus excretas sea máxima y de una forma rápida.

Otra desventaja es el tiempo que tendría q esperarse para poder obtener los productos del biodigestor, además se pone énfasis en lo q quiere recolectarse, ya que a tiempos cortos de retención, se obtiene mayor cantidad de biogás y un residuo de baja calidad, en tiempos largos de retención, se obtiene menor cantidad de biogás, y un residuo de alta calidad para la agricultura.

Se deben controlar factores como la temperatura, se debe obtener una temperatura cercana a los 35°c, de no ser así la producción de biogás se vera afectada, para ese caso se debe buscar una forma de calentar el contenido del biodigestor, las bacterias mesofilas completan su ciclo biológico en un rango de 15 a 40°c con una temperatura óptima de 35°c, las termófilas completan su ciclo biológico de 35 a 60°c con una temperatura óptima de 55°c.

No se pueden usar excretas o desperdicios que hayan tenido contacto con desinfectantes (ya que matarían a las bacterias encargadas de la biodigestión), tampoco se podría usar animales que hayan sido recientemente desparasitados, pues en sus excretas hay altas dosis de antibacteriales.

De no contar con medidas adecuadas de seguridad, se puede correr riesgo de explosión, especialmente con los que son fabricados de plástico, pues pueden ser fácilmente cortados y quedar inutilizados, fabricar un biodigestor de otros elementos es mas durable y confiable, pero esto implica un costo mas elevado para su fabricación(dependiendo del modelo puede variar de 200 a $300)